ハーレーオーナーにとっての、インジェクションデメリットは「個人レベルでの調整が難しい点がある」ということです。
たとえば、排気系のカスタムを行った場合には、従来のキャブレターならば、オーナーの好みや判断で、キャブレターの調整を行うこともできました。
ただ、インジェクションの調整というのは、ショップで、専用のデータなどを用いて、行ってもらわなければならないため、ハーレーオーナーによる調整が難しいのです。
さらに、2007年以降のモデルでは、全てインジェクションが採用されてはいますが、排気系のカスタムを行った場合の、インジェクションのセッティングデータがまだまだ不足しているということが考えられます。
ただ、この点に関しては、時間の経過・ハーレーオーナーの増加などによって、徐々にですが、解消されていくでしょう。
社外品ですが、インジェクションコントローラーというものも販売されています。
吸気系と排気系は、セットでカスタムをしなければならないので、オーナーにとって自由度が低くなるというのは、デメリットと言えるかもしれませんね。